Cajigal, unos meses después se ve envuelto en una serie de escandalos, se separa de su esposa, se divorcia y vuelve a casarse, periodistas locales sostienen que sus segundas nupcias son pagadas del heralio publico. Un escándalo deribado de la corrupción en los mandos de la policia local, sus viajes al extranjero y la relación familiar de su segunda esposa con el narcotrafico, hunden a Cagigal en un sin fin de problemas y a su gabinete, por supuesto se olvida de las promesas realizadas a los Scouts durante ese día. Aunque le son fincadas responsabilidades penales, una serie de tres amparos hacen que conseve su fuero y no es enjuiciado, sin embargo fracasa en una controversia constitucional al principios del 2005 y vuelve a tener porblemas con el congreso local. En febrero del 2005 la revista PROCESO lo califica de irresponsable y un extenso artículo referencia a que era un "Boy Scout" y un "Bad Boy", en la portada de la revista aparece el entonces gobernador con su uniforme Scout. En el 2008 renuncio a su militancia partidaria.
El congreso de Morelos ordenó la destitución del gobernador del estado Sergio Estrada Cajigal, al declararlo culpable por omisión en el cumplimiento de sus funciones.Se le acuso de represión policíaca, asignación de bonos de productividad ilegales, uso del helicóptero de seguridad para asuntos personales con la complicidad del Coordinador de la Policía Ministerial, Agustín Montiel López, este último fue acusado de trafico de cocaína y condenado a 33 años de cárcel en el 2004, acusados de brindar protección a Juan José Esparragoza, “El Azul”, uno de los líderes del cártel de Sinaloa, salio de la carcel en el 2014 ya que padecía un cáncer terminal, murió en agosto del 2015.